La corretta identificazione varietale, requisito di estrema importanza ai fini dell'utilizzazione e della commercializzazione del materiale di propagazione delle piante agrarie, è particolarmente importante in viticoltura, settore nel quale le varietà si diffondono con grande rapidità. L'identificazione varietale rappresenta, inoltre, lo strumento fondamentale per il recupero di varietà autoctone e quindi per attività di conservazione della "biodiversità" vegetale.

In viticoltura la "varietà", detta anche "vitigno", è generalmente definita come il prodotto di un singolo seme o di un individuo, propagato per via vegetativa. Poiché durante i cicli di propagazione vegetativa possono comparire delle variazioni, la varietà risulta di fatto composta da un set di "cloni" (il clone viene definito come un gruppo omogeneo di individui propagati per via vegetativa da un'unica pianta iniziale "pianta madre del clone" o "testa di clone" che si differenzia dagli altri cloni della medesima varietà per alcune lievi caratteristiche morfologiche e fenologiche).

L'elevato numero di varietà di vite, la loro forte eterogeneità dovuta al loro spiccato polimorfismo che porta piante geneticamente simili ad evidenziare differenze nel fenotipo, che ne rendono quasi impossibile la corretta identificazione, e la presenza di numerose sinonimie e omonimie rende l'identificazione varietale della vite particolarmente complessa.

La disponibilità di un rapido e pratico sistema oggettivo per l'identificazione delle varietà di vite verrebbe sicuramente incontro alle esigenze del moderno marketing della vite e del vino e, quindi, a risolvere i numerosi casi di omonimia e sinonimia per il lavoro di recupero e salvaguardia del germoplasma locale, come pure per le esigenze di controllo di qualità delle produzioni vivaistiche e di protezione legale delle nuove selezioni. A tale proposito nuovi orizzonti si sono aperti con lo sviluppo dei marcatori molecolari.

I Microsatelliti o Simple Sequence Repeat (SSR) o Sequence Tagged Microsatellite Sites (STMS), sono sequenze uniche di 1-6 nucleotidi ripetute circa 5-100 volte (es: (GA)n; (GATA)n).

Il polimorfismo di un microsatellite consiste nel differente numero di ripetizioni delle semplici sequenze nucleotidiche e, quindi, in un determinato locus si manifesta con la presenza di differenti alleli che differiscono per la lunghezza della sequenza espressa in paia di basi.

Tale tipo di polimorfismo può essere facilmente rilevato attraverso amplificazione per mezzo di PCR e successiva determinazione della lunghezza della sequenza amplificata per mezzo di elettroforesi ad alta risoluzione. È stato dimostrato che la combinazione del polimorfismo di alcuni loci microsatelliti (profilo microsatellite) permette di identificare univocamente il genotipo di una data varietà. Inoltre, i microsatelliti avendo un'eredità codominante permettono di discriminare tra omozigoti e eterozigoti, consentono l'analisi della paternità, la ricostruzione del pedigree e quindi studi filogenetici. Infine è da evidenziare che i primers ottenuti in una specie sono spesso utilizzabili anche per ottenere il profilo di specie tassonomicamente vicine appartenenti allo stesso genere e talvolta a generi differenti all'interno della stessa famiglia: fortunatamente questo è il caso della vite.

Nell'ambito del progetto europeo Eu-project GENRES CT96 No 81 "European network for grapevine genetic resources conservation and characterization", iniziato il 1 marzo 1997 e conclusosi il 30 settembre 2002, nel tentativo di standardizzare le procedure di analisi genetica per la creazione di un database europeo per la vite (European Vitis Database), tra gli oltre 300 suddetti loci microsatelliti, sulla base del grado di polimorfismo ne sono stati selezionati 6 che sono ritenuti indispensabili nella descrizione minima delle varietà di vite: VVS2, VVMD5, VVMD7, VVM27, VrZAG62 e VrZAG79.

Va infine considerato che nell'ambito del ricco germoplasma viticolo si assiste frequentemente alla riscoperta di varietà locali che difficilmente possono essere confrontate efficacemente con quelle eventualmente presenti in altre zone, pertanto la possibilità di confrontare a distanza il profilo microsatellite (oppure la configurazione allelica), rappresenta un elemento importante per la iscrizione al Registro Nazionale delle Varietà di Vite, proprio allo scopo di evitare la iscrizione di vitigni della stessa identità genetica con nomi diversi. Ovviamente la variabilità dei risultati ottenuti tra laboratori diversi nella analisi del poliformismo dei microsatelliti, già accertata in un ampio lavoro compiuto a livello internazionale può essere gestita e opportunamente valutata mediante procedure di standardizzazione che consentano di tenere conto degli eventuali shift esistenti nel numero di paia di basi, in modo da eseguire i confronti anche sui risultati ottenuti da laboratori diversi.